Maladies émergentes : une bactérie ultra-mutante

[24 mai 2017 - 17h24] [mis à jour le 24 mai 2017 à 17h52]

Une équipe internationale a révélé le caractère hautement mutant d’une souche de la bactérie Elizabethkingia anophelis. Celle-ci avait été responsable d’une épidémie sans précédent aux Etats-Unis en 2015-2016. Leur travail souligne l’importance de l’échange de données entre pays en temps réel pendant les épidémies.

C’est pour mieux comprendre l’épidémie hors norme qui a touché une soixantaine de personnes dans le Wisconsin en 2015-2016 que des chercheurs ont mené un important travail d’investigation génomique sur la souche de la bactérie responsable, Elizabethkingia anophelis. Au total, 66 cas ont été confirmés dans le pays. Malgré la mise en place un protocole de traitement antibiotique, 21 patients sont décédés, la majorité âgés de plus de 65 ans et présentant au moins une pathologie sérieuse sous-jacente.

« Ces bactéries causent très rarement des infections chez l’Homme mais peuvent éventuellement coloniser l’appareil respiratoire », précisent les chercheurs. « En cas d’infection, les symptômes peuvent inclure de la fièvre, des difficultés à respirer et des frissons. »

Les chercheurs français du groupe d’étude avaient déjà décrit plusieurs lignées de cette bactérie dans le cadre d’une précédente épidémie en République centrafricaine. Ce qui leur a permis de définir un système de typage standardisé, qu’ils ont pu appliquer à leur travail sur la souche en cause dans l’épidémie du Wisconsin.

300 mutations en un an

Résultat, « le séquençage des isolats bactériens, réalisé par le CDC d’Atlanta, a permis de déterminer que l’épidémie était ‘clonale’, c’est-à-dire qu’elle n’était due qu’à une seule souche d’E. anophelis », soulignent les auteurs. « L’ensemble des cas d’infections de l’épidémie représente ainsi une nouvelle lignée dans l’évolution de la bactérie. »

Mais surtout, « l’étude a révélé le caractère hautement mutant de la souche incriminée ». Ainsi la lignée avait accumulé près de 300 mutations en un an. Soit 10 fois plus qu’une bactérie ‘classique’. « Cette mutabilité est extrêmement rare pour les épidémies à bactéries », indiquent les auteurs.

« Au-delà de la découverte d’une bactérie mutante responsable d’une épidémie, cette étude a été l’occasion pour les chercheurs de mettre en avant l’intérêt de l’échange de données en temps réel pendant les épidémies », notent les auteurs. Objectif, « mieux faire face aux urgences de santé publique ».

*les chercheurs de l’unité de Génomique évolutive des microbes (Institut Pasteur/CNRS), de l’Institut français de bioinformatique (CNRS/Inserm/Inra/Inria/CEA) et du Centre de bioinformatique, biostatistique et biologie intégrative (Institut Pasteur/CNRS), menés à l’Institut Pasteur par Sylvain Brisse, en collaboration avec des équipes du Center for Disease Control and prevention, du Wisconsin Department of Health Services, du Wisconsin State Laboratory of Hygiene (Etats-Unis) et de l’Université de Melbourne (Australie)

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