100 000 milliards de bactéries… dans notre intestin !

Avec 100 000 milliards de bactéries voire davantage, la flore intestinale à laquelle le consensus international fait désormais référence sous le nom de microbiote intestinal, livre peu à peu ses secrets. Il existe même aujourd’hui un projet international pour son étude. Baptisé MetaHIT, il a notamment pour objectif de cartographier l’écosystème intestinal. A terme, cela permettrait d’identifier nos prédispositions à certaines maladies. Le point avec le Pr Olivier Goulet, chef du service de gastroentérologie et de nutrition pédiatrique à l’Hôpital Necker-Enfants Malades de Paris.

« La flore intestinale abrite un nombre de bactéries supérieur à celui (contenu dans tout le reste ) de notre organisme. Elle porte plus de gènes différents que nos propres cellules. Et son poids est supérieur à celui de notre cerveau. Voilà qui montre bien l’importance de ce monde vivant, hébergé par notre corps », explique le Pr Oliver Goulet. « Nous interagissons avec lui. Nous pouvons le modifier par notre façon de nous alimenter, de vivre, par notre environnement. »

Lancé en France en 2008 par l’Institut national de la Recherche Agronomique (INRA), MetaHit pour Metagenomics of Human Intestinal Tract est un projet international à part entière. Il est soutenu par l’Union européenne, qui assure plus de la moitié de son financement : 11,4 millions d’euros pour un coût global estimé à 21 millions. Le reste provient du secteur privé. En moins de 2 ans, les scientifiques ont identifié plus de 3,3 millions des gènes du microbiote intestinal. « Nos recherches visent à en établir la cartographie, mais aussi à identifier ses liens éventuels avec certaines affections. En particulier la maladie de Crohn et l’obésité », précise le Pr Oliver Goulet. « Nous connaissons désormais les mécanismes à l’origine des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Et nous savons qu’elles sont en partie provoquées par un déséquilibre de notre flore intestinale. »

Dans un avenir proche et grâce à des puces ADN, il sera possible de mettre au point notre propre profil de flore intestinale. Tout comme nous faisons aujourd’hui notre bilan sanguin. « Nous pourrons donc identifier des prédispositions à certaines maladies. Nous avons devant nous un champ de recherches extraordinaire, qui à terme pourrait ouvrir de nouvelles pistes thérapeutiques. Mais aujourd’hui, nous ne connaissons que la partie émergée de l’iceberg ».

Microbiote ou flore intestinale ?
Pourquoi tout à coup, utiliser un mot nouveau pour parler de cette flore qui colonise notre système digestif ? « Le concept de flore intestinale a été utilisé pendant des années car il parle bien au public. Je suis très attaché à cette appellation », nous explique Olivier Goulet. En revanche, « le consensus international de scientifiques préfère s’en tenir au terme de microbiote intestinal : micro au sens microscopique, et bios signifiant vie ».

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  Source : Interview du Pr Olivier Goulet, chef du service de gastroentérologie et de nutrition pédiatrique à l’Hôpital Necker-Enfants Malades (Paris), 5 janvier 2011 ; Laboratoire de Biologie virtuelle CNRS UMR 6543, Faculté des Sciences, Nice-Sophia-Antipolis