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Transplantation de microbiote fécal, efficace et pourtant sous-utilisée
© Microgen/Shutterstock.com
Menée par les Hospices civils de Lyon, une nouvelle étude présentée lors des Journées francophones d’hépato-gastroentérologie et d’oncologie digestive (JFHOD, 19-22 mars 2026, Paris) met en évidence un manque de recours à la transplantation de microbiote fécal chez les patients souffrant d’infections multirécidivantes à Clostridioides difficile, une infection qui peut être sévère, parfois fatale chez les personnes fragiles.
Le transfert d’un microbiote sain chez une personne infectée permet de restaurer son écosystème intestinal, de prévenir les infections ultérieures. Les bactéries composant le microbiote sain rétablissent une barrière de l’épithélium intestinal efficace, et limitent l’implantation et la prolifération de l’agent infectieux. Référence dans la prise en charge des infections multirécidivantes à C. difficile (120 000 cas et 4 000 décès par an en Europe), la transplantation de microbiote fécal a une efficacité de 80 à 90 % avec moins de 1 % d’événements indésirables graves. Elle est bien plus efficace que les antibiotiques dans ce contexte.
Le niveau de preuve d’efficacité de la transplantation de microbiote fécal (TMF) est important. Depuis 2014, cette thérapeutique figure dans les recommandations nationales et internationales. En France, elle est strictement encadrée par l’agence du médicament (ANSM). Or cette nouvelle étude révèle un recours encore insuffisant à cette prise en charge, alors même que la logistique en France est tout à fait en mesure de répondre à la demande.
Colline Brasseur et ses collègues ont conduit une étude dans 12 sites des Hospices civils de Lyon afin d’évaluer le recours à la transplantation de microbiote fécal chez des adultes ayant présenté au moins un épisode d’infection à C. difficile et répondant aux critères d’éligibilité (dès la seconde récidive de l’infection soit 3 épisodes infectieux rapprochés), entre 2018 et 2023. Parmi les 1573 patients inclus, une TMF était indiquée chez 106 patients présentant des formes multirécidivantes (6,7 %). Or seuls 27,4 % d’entre eux ont effectivement bénéficié de ce traitement.
L’analyse de l’efficacité de la TMF révèle que, parmi les 29 patients l’ayant reçue, seulement 4 ont présenté une récidive dans les 12 semaines et aucun n’est décédé. À l’inverse, chez les 77 patients non traités (alors qu’ils entraient pourtant dans les indications du traitement et auraient dû le recevoir), un quart a eu une récidive et 18,2 % en sont décédés !
D’après l’analyse des chercheurs, la transplantation est protectrice vis-à-vis de la mortalité à 12 semaines et à un an, et prévient dans une grande partie des cas les récidives de l’infection. La sous-utilisation de ce traitement semble donc liée à des risques graves potentiellement évitables, en particulier chez les patients fragiles, ceux cumulant des pathologies (comorbides) ou âgés. Et même, pour Colline Brasseur « il faudrait proposer un accès précoce à la transplantation de microbiote fécal, et même dès la première récidive chez ces personnes très à risque. »
Pour les chercheurs, d’après leur étude, le problème principal réside dans le manque de connaissance des indications médicales par les médecins, gastro-entérologues, infectiologues, etc., avec l’idée persistante que la transplantation de microbiote fécal reste un traitement expérimental, complexe à réaliser et réservé aux centres experts. Or, aujourd’hui, la production de transplants (sous forme de capsules de microbiote fécal congelées) est bien organisée et peut couvrir l’ensemble des besoins sur le territoire français. Il y a un nombre suffisant de donneurs de selles sains pour permettre de traiter les quelque 10 % de patients présentant l’infection à C. Difficile éligibles à la transplantation.
La TMF fait partie du soin courant de cette infection potentiellement grave aujourd’hui, au même titre que les antibiotiques. Le pronostic des patients en dépend.
Des recherches sont en cours pour étendre l’usage de la transplantation de microbiote fécal à d’autres indications, telles que la maladie du greffon contre l’hôte (GVH) digestive, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI : maladie de Crohn et rectocolite hémorragique), le syndrome de l’intestin irritable, ainsi qu’en traitement complémentaire à l’immunothérapie dans certains cancers et même pour la « décolonisation » de l’intestin en cas d’infections à bactéries multirésistantes.
Source : Suivi du congrès des Journées francophones d’hépato-gastroentérologie et d’oncologie digestive (JFHOD, 19-22 mars 2026, Paris), intervention de Colline Brasseur et suivi de la conférence de presse JFHOD avec l’intervention du Dr Nicolas Benech.
Ecrit par : Hélène Joubert ; Édité par Emmanuel Ducreuzet
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