Accouchement : l’analyse du microbiote vaginal pour prédire l’infection néonatale bactérienne précoce ?

L’infection néonatale bactérienne précoce est l’une des principales causes de mortalité néonatale. Elle résulte dans la majorité des cas d’une infection transmise par la mère. Des chercheurs français viennent d’identifier des signatures microbiennes, prélevées dans le microbiote vaginal au moment de l’accouchement, qui permettraient d’en prédire le risque.

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Le microbiote vaginal peut-il prédire le risque d’infection néonatale bactérienne précoce (INBP) ? Une étude de l’AP-HP, de l’Université Paris Cité, de l’université Sorbonne Paris Nord, de l’Inserm, de l’Institut Pasteur et de la FHU Prem’Impact suggère qu’un prélèvement vaginal réalisé lors de l’accouchement permettrait d’identifier les signatures microbiennes associées au risque d’INBP.

Qu’est-ce que l’infection néonatale bactérienne précoce ?

L’INPB est l’une des causes majeures de morbidité et de mortalité, en particulier chez les nouveau-nés prématurés. 1,3 à 3,5 millions de cas seraient diagnostiqués chaque année dans le monde. C’est la troisième cause de mortalité néonatale après la prématurité et les complications de l’accouchement. En France, l’incidence est estimée entre 0,7 et 1 pour 1000 naissances par an. Selon un document du Réseau de périnatalité publié en 2017, 40 à 50 % de ces infections étaient liées au Streptocoque du groupe B, 10 à 15 % à la bactérie Escherichia coli et 30 à 40 % à d’autres bactéries.

Le plus souvent, l’INPB résulte d’une infection ascendante à partir du tractus féminin, composé de la vulve, du vagin, de l’utérus, des trompes et des ovaires. Jusqu’à présent, les outils diagnostiques de l’infection reposent sur le dépistage du streptocoque réalisé à l’approche du terme. Mais cette approche ne prend pas en compte la complexité du microbiote vaginal et ne permet pas d’évaluer le risque infectieux global. Elle conduit ainsi à une utilisation large des antibiotiques, avec de possibles conséquences sur les résistances bactériennes et le microbiote néonatal.

Les situations à risque caractérisées

L’étude, publiée le 18 décembre 2025 dans l’American Journal of Obstetrics and Gynecology, a inclus 2 500 femmes prises en charge dans trois maternités d’Ile-de-France, dont 560 cas de rupture prématurée de membranes avant 37 semaines d’aménorrhée. Les prélèvements vaginaux réalisés ont été analysés selon deux approches complémentaires :

• une approche de bactériologie conventionnelle, incluant l’identification bactérienne par culture, des tests moléculaires ciblés (PCR) et la caractérisation des profils de résistance aux antibiotiques ;
• une approche métagénomique, permettant une caractérisation globale et non ciblée des communautés bactériennes vaginales.

Ces analyses ont montré que le risque d’infection néonatale précoce est davantage associé à des déséquilibres du microbiote vaginal plutôt qu’à la présence d’un seul agent infectieux. « Les situations à risque étaient caractérisées par une diminution de la dominance des lactobacilles, une augmentation de la diversité bactérienne, et la présence accrue de bactéries potentiellement pathogènes, au premier rang desquelles Escherichia coli, fréquemment retrouvée à la fois chez la mère et chez le nouveau-né, détaille l’Institut Pasteur dans un communiqué. En combinant l’analyse de la composition du microbiote vaginal et la détection de bactéries d’intérêt clinique, l’approche métagénomique a ainsi permis une meilleure stratification du risque infectieux que les méthodes bactériologiques usuelles, ouvrant la voie à une évaluation plus ciblée du risque en contexte de rupture prématurée des membranes ».

Pour les auteurs de l’étude, ces résultats sont annonciateurs de la mise au point d’un test moléculaire rapide, non invasif, permettant d’analyser l’ensemble du microbiote. Ce test permettrait de mieux caractériser le risque et de favoriser une utilisation plus ciblée et raisonnée des antibiotiques. « Ils ouvrent la voie à une approche diagnostique personnalisée, intégrant les données cliniques et les signatures microbiennes », ajoute l’Institut Pasteur.

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  Source : Institut Pasteur, Réseau de périnatalité

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  Ecrit par : Dorothée Duchemin – Edité par Emmanuel Ducreuzet